Muchos refugiados camboyanos se unieron a la Iglesia en los Estados Unidos antes de regresar a su tierra natal en la década de 1990. La obra misional se reanudó en 1994 y las dos primeras estacas camboyanas se organizaron en 2014.
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Cuando comenzó la Guerra Civil de Camboya en 1970, el pequeño grupo de Santos de los Últimos Días que celebraba reuniones en sus hogares se marchó. La guerra duró más de dos décadas y provocó violencia y hambruna generalizadas. Millones de camboyanos murieron y miles huyeron para refugiarse en Tailandia, Francia y los Estados Unidos. En los Estados Unidos, muchos refugiados camboyanos conocieron a Santos de los Últimos Días, aprendieron el Evangelio y aceptaron el bautismo. Para la década de 1990, se habían establecido más de veinte ramas de habla jemer en siete estados de los Estados Unidos.
Después de que terminaron los combates y se alcanzó un acuerdo de paz, muchos santos camboyanos regresaron a su patria. En 1994, la Iglesia comenzó a llevar a cabo reuniones y a predicar el Evangelio restaurado en Camboya. En septiembre de ese año, se organizó la primera rama en Nom Pen con miembros camboyanos y vietnamitas. En enero de 1995, los miembros locales trabajaron con los misioneros para llevar alimentos y ropa a las aldeas rurales afectadas por las sequías y, en febrero, los misioneros mayores comenzaron a trabajar con la Real Universidad de Agricultura para impartir clases de Ciencias Agrícolas.
En el año 2000 se organizó un distrito, dirigido por el primer presidente de distrito local, con ramas en Nom Pen, Takmau y Kampong. En 2002 se organizó un distrito para miembros de habla vietnamita en Camboya, con ramas por todo el país. Los santos camboyanos han organizado diversos eventos culturales, han participado en concursos de arte a nivel de toda la Iglesia y han sido voluntarios en sus comunidades locales. En 2008, miembros y misioneros ayudaron al Gobierno camboyano a organizar dos simposios interreligiosos.
Las dos primeras estacas de Camboya se organizaron el 9 de mayo de 2014 en Nom Pen y, más tarde ese mismo año, más de tres mil santos celebraron el vigésimo aniversario del establecimiento de la Iglesia en Camboya. En 2018 se anunció la construcción del Templo de Nom Pen, Camboya, y la ceremonia de la palada inicial se llevó a cabo en septiembre de 2021.